目的基因T载体克隆实验步骤

PCR产物的T载体克隆 实验原理 1.​ 重组质粒的构建： 重组的DNA分子是在DNA连接酶的作用下，有Mg2 、ATP存在的连接缓冲系统中，将分别经酶切的载体分子与外源DNA分子进行连接。 DNA连接酶有两种：T4噬菌体DNA连接酶和大肠杆菌DNA连接酶。两种DNA连接酶都有将两个带有相同粘性末端的DNA分子连在一起的功能，而且T4噬菌体DNA连接酶还有一种大肠杆菌DNA连接酶没有的特性，即能使两个平末端的双链DNA分子连接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接率低，一般可通过提高T4噬菌体DNA连接酶浓度或增加DNA浓度来提高平末端的连接效率。 T4噬菌体DNA 连接酶催化DNA 连接反应分为3 步：首先，T4 DNA 连接酶与辅因子ATP形成酶-ATP复合物；然后，酶-ATP复合物再结合到具有5’磷酸基和3’羟基切口的DNA上，使DNA腺苷化；最后产生一个新的磷酸二酯键，把切口封起来。连接反应通常将两个不同大小的片断相连。 很多DNA聚合酶在进行PCR扩增时会在PCR产物双链DNA每条链的3’端加上一个突出的碱基A。pUCm-T载体是一种已经线性化的载体，载体每条链的3’端带有一个突出的T。这样，pUCm-T载体的两端就可以和PCR产物的两端进行正确的AT配对，在连接酶的催化下，就可以把PCR产物连接到pUCm-T载体中，形成含有目的片断的重组载体。 连接反应的温度在37℃时有利于连接酶的活性。但是在这个温度下粘末端的氢键结合是不稳定的。因此采取折中的温度，即12-16℃，连接12-16h（过夜），这样既可最大限度地发挥连接酶的活性，又兼顾到短暂配对结构的稳定。 2.​ 感受态制备原理 细菌在0C CaCl2低渗溶液中胀成球形，丢失部分膜蛋白，成为容易吸收外源DNA的状态。 3.​ β-半乳糖甘酶显色反应选择法（蓝白筛选）原理 LacZ基因是大肠杆菌乳糖操纵子中的一个基因，可以编码β—半乳糖核苷酶。β—半乳糖核苷酶是由4个亚基组成的四聚体，可催化乳糖的水解．用X-Gal为底物进行染色时，呈蓝色。 现在一些特定的质粒（比如pUC/pBS等），常带有β—半乳糖核苷酶的调控序列和β—半乳糖核苷酶N端146个氨基酸（α肽段）的编码序列，在这个编码序列里还插入一个多克隆位点（MCS）,它并不影响lacZ的达。另外，常用的大肠杆菌带有β—半乳糖核苷酶C端部分序列（β肽段），的编码序列。在各自独立的情况下，这些质粒与大肠杆菌各自编码的β—半乳糖核苷酶片段都没有酶的活性。只有当携带α肽编码信息的克隆载体成功进入宿主细胞，在培养基诱导物IPTG的诱导下，载体质粒能够合成β—半乳糖核苷酶N端（α肽段），这样就与宿主细胞合成的β—半乳糖核苷酶C端部分序列（β肽段）互补，形成完整的β—半乳糖核苷酶活性蛋白。 而当外源基因插入到此种载体质粒lacZ的多克隆位点后，会造成lacZ基因不能表达，从而不能合成β—半乳糖核苷酶；而对于空载体，lacZ基因正常表达，通过α互补合成β—半乳糖核苷酶，分解培养基里的色素底物X-gal，最终形成蓝色的化合物，出现蓝色菌斑。 X-Gal，中文名为5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷，分子式为C14H15BrClNO6，分子量为408.63，它是β–半乳糖苷酶的底物，水解后呈蓝色。 IPTG，中文名， 异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷 ，分 子 式: C9H18O5S ，分 子 量 238.30 ，保存温度2-8°C冷藏保存 ,配制好后保存于-20°C，室温可放置一个月 。主要作用：异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)是一种作用极强的诱导剂,不被细菌代谢而十分稳定,因此被实验室广泛应用 实验准备 清洗，5个100ml锥形瓶（外加1个小的），6副培养皿，3个小试剂瓶，接种环，涂布棒 准备100ml超纯水 溶液:LB300ml(液体50ml+50ml，固体100ml)，0.1mol/L CaCl2 10ml， 100mg/mlAmp 1 ml， 20mg/mlX-gal 1 ml， 200mg/ml IPTG 1 ml。 大肠杆菌菌液1ml 感受态细胞 连接产物 4管 4 x 5 = 20ul 做4份 目的基因 T载体 T4连接酶 10x冲液 4 x 4uL 4x1uL 4x0.5uL 4x1uL 灭菌：5个100ml锥形瓶（外加1个小的），6副培养皿，3个小试剂瓶，接种环，涂布棒，10ml超纯水，LB培养基，1.5mlEP管，大小枪头，过滤用具2副，，0.1mol/L CaCl2 试剂 20mg/ml X-gal X-gal为5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D半乳糖苷。用二基甲酰胺（DMF）溶解X-gal配制成的20mg/ml（取0.02gX-gal，用DMF定容为1ml）的贮存液。保存于一玻璃管或聚丙烯管中，装有X-gal溶液的试管须用铝箔封裹以防因受光照而被破坏，并应贮存于-20℃。X-gal溶液无须过滤除菌。（DMF二甲基甲酰胺; Dimethylformamide; N,N-Dimethylformamide; DMF; CAS：68-12-2　理化性质:无色、淡的胺味的液体。分子式C3-H7-N-O。分子量73.10。相对密度0.9445(25℃)。熔点-61℃。沸点152.8℃。） 溶于DMSO，溶解度可达20mg/ml。也溶于DMF  溶于DMSO，溶解度可达20mg/ml。也溶于DMF 200mg/ml IPTG 在0.8ml蒸馏水中溶解0.2g IPTG后，用蒸馏水定容至1ml，用0.22μm滤器过滤除菌，贮存于-20℃。 LB培养基： 配制每升培养基,应该在950 ml去离子水中加入: 胰化蛋白胨 10g 酵母提取物 5g NaCl 10g 摇动容器直至溶质溶解.用5mol/LNaOH调pH至7.3.用去离子水定容至1L.在15psi高压下蒸汽灭菌20min.（ 100mlLB培养基加入1.5g琼脂粉为固体培养基） 0.1mol/LCaCl2：取0.11098g氯化钙固体定容至10ml Amp（100mg/ml）：溶解0.1g氨苄青霉素钠盐于足量的水中，最后定容至1ml，用0.22μm滤膜过滤除菌. 实验步骤 （一）.目的基因片段与载体连接 器材 旋涡混合器，微量移液取样器，移液器吸头，1.5ml 微量离心管，双面离心管架，台式离心机，干式恒温气浴。 试剂 T 载体，T4 DNA 连接酶，连接酶缓冲液，无菌dd Water 操作步骤 PCR产物与T载体直接连接： （1）​ 事先将干式恒温仪（或冰盒里的水）温度设定在14~16C。 （1）​ 取4个灭菌的200ul微量离心管，加入：（需要调整） 4l 目的基因 1l T载体 0.5l T4 DNA连接酶（TAKARA, 350U/ul）后加 1l 连接酶缓冲液10 x buffer 3.5 l dd Water 总量 10l 体系 （1）​ 述混合液轻轻震荡后再短暂离心，然后置于14C干式恒温仪（或14C水中）中保温过夜（12-16h）。 （1）​ 连接后的产物可以立即用来转化感受态细胞或置4C冰箱备用。 （二）. 大肠杆菌感受态细胞的制备细菌转化 器材 旋涡混合器，微量移液取样器，移液器吸头，50ml 微量离心管，1.5ml 微量离心管，台式冷冻离心机，制冰机，恒温摇床，分光光度计，超净工作台，恒温培养箱，摇菌试管，三角烧瓶，接种环，恒温摇床，培养皿（已铺好固体LB-Amp），酒精灯，玻璃涂棒，恒温培养箱，滤膜和过滤器 试剂 E. coli菌种，LB培养基，0.1 mol/L CaCl2溶液，无菌dd Water ，LB培养基（不加抗菌素），LB培养基（加抗菌素），无菌dd water，IPTG，X-gal。 步骤 （1）​ 在超净工作台中，将1ml大肠杆菌菌液加入100ml LB液态培养基（不含抗菌素），37℃摇床培养过夜。 （1）​ 取0.5ml上述菌液转接到含有50mL LB培养基的三角烧瓶中，37℃下250r/min摇床培养23h，测定OD590为0.35~0.4左右（<0.40.6，细胞数<108/mL，此为关键参数！）。（注意：此步摇菌的时候，要有一管不加菌的LB培养液同时摇菌） （1）​ 将1ml菌液加入到4支1.5mL预冷无菌的聚丙烯离心管中，于冰上放置10min，然后于4℃，5000rpm离心5min。 （1）​ 将离心管倒置以倒尽上清液，加入1ml 冰冷的0.1 mol/L CaCl2溶液，立即在涡旋混合器上混匀，插入冰中放置30min。 （1）​ 4℃，5000rpm离心5min，弃上清液后，用100μL 冰冷的0.1 mol/L CaCl2溶液垂悬，插入冰中放置2h，可以直接用作转化实验，或立即放入-4摄氏度冰柜中保藏。 （1）​ 事先将恒温水浴的温度调到42℃。 （1）​ 从-70℃ 超低温冰柜中取出一管（100μL）感受态菌，立即用手指加温融化后插入冰上，冰浴510min。 （1）​ 加入5μL连接好的质粒混合液（DNA含量不超过100ng），轻轻震荡后放置冰上20min。 （1）​ 轻轻摇匀后插入42℃水浴中90s进行热休克，然后迅速放回冰中，静置3min。 （1）​ 在超净工作台中向上述各管中分别加入300μL LB培养基（不含抗菌素）轻轻混匀，然后固定到摇床的弹簧架上37℃震荡1h。 （1）​ 在超净工作台中取上述转化混合液200μL，分别滴到含合适抗菌素（Amp 100ug/L）的固体LB平板培养皿中，再在平板上滴加40μL 20mg/ml X-gal，7μL 200mg/ml IPTG，用酒精灯烧过的玻璃涂布棒涂布均匀（注意：一个不含抗生素作为对照组，玻璃涂布棒上的酒精熄灭后稍等片刻，待其冷却后再涂，菌液涂皿操作时，应避免反复来回涂布，因为感受态细菌的细胞壁有了变化，过多的机械挤压涂布会使细胞破裂，影响转化率。）。 （1）​ 在涂好的培养皿上做上标记，先放置在37℃恒温培养箱中30min直到表面的液体都渗透到培养基里后，再倒置过来放入37℃恒温培养箱过夜。 （1）​ 在被细菌污染的桌面上喷洒70%乙醇，擦干桌面。 （1）​ 观察平板上长出的菌落克隆，以菌落之间能互相分开为好。注意白色菌斑。 （三）. 转化克隆的筛选和鉴定 器材 旋涡混合器，小镊子，微量移液取样器，移液器吸头，1.5ml 微量离心管，双面离心管架，干式恒温气浴（或恒温水浴锅），制冰机，恒温摇床，超净工作台，酒精灯，无菌牙签，摇菌管。 试剂 LB培养基（加抗菌素），PCR用试剂，引物，质粒提取用试剂，酶切需要的限制性内且酶及其缓冲液，65%甘油（65%甘油，0.1mol/L MgSO4，0.025mol/L Tris Cl pH8.0）。 操作步骤 方法一：快速PCR筛选法 （1）​ 在转化的平板培养基上随机选取4个边缘清晰的白色菌落，并用记号笔在其所在的培养皿底部玻璃背面画圈做标记编号。 （2）在0.2ml PCR 微量离心管中配制25μl反应体系。 dd water 16μl 10×PCR buffer（不含MgCl2） 2.5μl 25mM MgCl2 1.5μl 2.5mmol/L dNTP 2μl（每种dNTP终浓度0.2mM） 10μmol/L Primer1 1μl（12.5—25pmoles） 10μmol/L primer2 1μl（12.5—25pmoles） 质粒 用小tip头轻轻粘一下选中的白色菌落，再伸入PCR混合液中洗一洗 Taq酶 0.5μl（1.5u） 总体积 25μl （2）根据厂商的操作手册设置PCR仪的循环程序（本实验室已经设置为WZ）： ① 94℃ 5min ② 94℃ 1min ③ 60℃ 1min ④ 72℃ 1min50s ⑤ goto② 29 times ⑥ 72℃ 10min （1）​ PCR结束后，取10μl产物进行琼脂糖凝胶电泳（与原始插入片断同时比对）。观察胶上是否有预计的主要产物带。 （1）​ 按照编号找到培养皿中的原菌斑。根据需要进行放大培养提取其质粒 （1）​ 提取到的质粒与原先的空载体（或已知分子量的质粒）再对比电泳，以进一步确认。 方法二：提质粒再PCR或酶切鉴定 （1）在超净工作台中取3支无菌摇菌管，各加入3mL LB（含50g/mL氨苄青霉素），用记号笔写好编号。 （2）在超净工作台中将70%乙醇浸泡的小镊子头用酒精灯烤过，镊取一支无菌牙签。用牙签的尖部接触转化的平板培养基 上的一个白色菌落，然后将牙签放入盛有3mL LB（含50g/mL氨苄青霉素）的摇菌管中。用此法随机取3个白色菌落，分别装入3个摇菌管中。 （3）37℃摇菌过夜后，用碱裂解法分别提取质粒。摇菌管中的剩余菌液保留在4℃冰箱中。 （4）提取到的3管质粒样品可用PCR法扩增，或用酶切电泳法来鉴定其上是否含有外源插入片断（方法见有关实验）。 （5）将经过鉴定判断为正确的质粒保存。按照编号找到冰箱中原菌液。根据需要进行放大培养提取其质粒或进行诱导表达，或取500L菌液与500L 65%甘油混合后-80℃保存。 （6）在被细菌污染的桌面上喷洒70%乙醇，擦干桌面 附：目的基因PCR（选做） 在0.2ml PCR 微量离心管中配制50μl反应体系。（以下加样量供参考，括号内是最终需要量，实验时需参照Taq酶说明书计算） dd water 32μl 10×PCR buffer（不含MgCl2） 5μl 25mM MgCl2 3μl 2.5mmol/L dNTP 4μl（每种dNTP终浓度0.2mM） 10μmol/L Primer1 2μl（12.5—25pmoles） 10μmol/L primer2 2μl（12.5—25pmoles） 模板质粒 1μl（1×10-3pmoles） 3U/μl Taq酶 1μl（3u） 总体积 50μl 根据厂商的操作手册设置PCR仪的循环程序： ① 94℃ 5min ② 94℃ 1min ③ 60℃ 1min ④ 72℃ 1min50s ⑤ goto② 29 times ⑥ 72℃ 10min PCR结束后，取10μl产物进行琼脂糖凝胶电泳。观察胶上是否有预计的主要产物带。 实验安排： 第一天：14:00 配液，灭菌(2h) 16:30 接种大肠杆菌菌种，摇菌 21:30 做PCR产物与T载体直接连接 第二天：9:00 再接种，再摇菌，OD合适后，做感受态细胞（大约6h） 13:00拿出转化体系，冰存 15:00 做转化，涂布（大约2h） 第三天 观察，，拍照