为了正常的体验网站,请在浏览器设置里面开启Javascript功能!

Ⅰ型鸭肝炎病毒 RTPCR 检测方法的建立及初步应用

2010-11-30 4页 pdf 665KB 24阅读

用户头像

is_609396

暂无简介

举报
Ⅰ型鸭肝炎病毒 RTPCR 检测方法的建立及初步应用 书书书 动物医学进展,2009,30(10):4548 ProgressinVeterinaryMedicine Ⅰ型鸭肝炎病毒RTPCR检测方法的建立及初步应用  党 龙1,邓舜洲1,张文波1,戴一民1,陈松昌2 (1.江西农业大学动物科技学院,江西南昌 330045;2.南昌金牧动物保健服务有限责任公司,江西南昌 330013)   摘 要:根据GenBank中Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV1)的基因序列,应用Oligo软件对DHV1的保守基因 3AB设计引物,以江西分离株(JXauF)的RNA为模板进行...
Ⅰ型鸭肝炎病毒 RTPCR 检测方法的建立及初步应用
书书 动物医学进展,2009,30(10):4548 ProgressinVeterinaryMedicine Ⅰ型鸭肝炎病毒RTPCR检测方法的建立及初步应用  党 龙1,邓舜洲1,张文波1,戴一民1,陈松昌2 (1.江西农业大学动物科技学院,江西南昌 330045;2.南昌金牧动物保健服务有限责任公司,江西南昌 330013)   摘 要:根据GenBank中Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV1)的基因序列,应用Oligo软件对DHV1的保守基因 3AB引物,以江西分离株(JXauF)的RNA为进行RTPCR扩增,得到预期大小的目的基因。通 过对该方法的敏感性和特异性的检测,结果表明,建立的利用RTPCR检测DHV1的方法具有良好的敏感 性和特异性。该法最低模板检测量为20pg,且只能检测出DHV1,对新城疫病毒、传染性法氏囊病毒、鸭瘟 病毒、鹅细小病毒和健康的鸭肝组织均不能检出。克隆、测序证实了扩增基因的正确性。通过对临床病料检 测结果表明,该方法可用于Ⅰ型鸭肝炎病毒的快速鉴别诊断。   关键词:Ⅰ型鸭肝炎病毒;RTPCR;检测 中图分类号:S852.659.6 文献标识码:A 文章编号:10075038(2009)10004504   自1999年以来,江西部分鸭场陆续发生Ⅰ型鸭 病毒性肝炎(Duckviralhepatitistype1,DVH1), 死亡率69.2%~80%,给养鸭造成重大经济损失。 近几年,随着养殖规模的扩大,死亡率有上升的趋 势。DVH1是由Ⅰ型鸭肝炎病毒(Duckhepatitis virustype1,DHV1)引起的雏鸭的一种急性、高度 致死性传染病,主要侵害4周龄以内的雏鸭,特别是 不足1周龄的雏鸭最易感染,其特征是患鸭呈现沉 郁、转圈、抽搐、角弓反张等神经症状,并具有肝脏肿 胀、出血、胆囊充盈、胆汁颜色变淡等病理变化。传 统的检测方法较多,但要么费时、要么对设备的要求 高,不能快速的对DHV1进行诊断。为此,本试验 建立了RTPCR方法,以对DHV1进行快速、准确 的诊断。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 病毒株 DHV1JXauF毒株,江西农业大 学预防兽医学实验室保存;新城疫病毒(Newcastle diseasevirus,NDV)、传染性法氏囊病毒(Infectious bursaldisease,IBDV)、鸭瘟病毒(Duckplaguevi rus,DPV)和鹅细小病毒(Goslingparvovirus,GPV) 均由南昌金牧动物保健服务有限公司保存。 1.1.2 主要试剂 dNTP、r犜犪狇DNA 聚合酶、 DNAMarker均为TIANGEN公司产品;反转录酶 (AMV)、反转录酶抑制剂(RNaseInhibitor)、RNA 提取试剂盒,均为Promega公司产品。 1.2 方法 1.2.1 病毒 RNA 的提取 按照 Promega公司 RNA提取试剂盒的说明书操作。取25mg~50mg 感染DHV1的肝组织,用研钵研磨大块组织,加入 600μL变 性 剂 后 再 研 磨 变 成 组 织 悬 液。加 入 2mol/LNaAc60μL缓慢混匀,再加入苯酚∶氯仿 ∶异丙醇(25∶24∶1)600μL,反复颠倒3次~5次 后用力甩10s,冰浴15min,12000r/min4℃离心 20min,提取上清至新管,加入等体积的异丙醇, -20℃放置30min,在4℃以12000r/min离心 10min,弃去上清,沉淀用1mL冰浴的750mL/L 乙醇洗涤,在4℃以12000r/min离心10min,弃上 清,干燥沉淀后加入DEPC水溶解,置-20℃保存。 1.2.2 引物的设计 依据NCBI上收录的DHV1 毒株全基因组序列,通过基因结构的分析[1],利用 oligo软件对3AB基因设计引物: DHV13ABF:5′CGGGATCCA TCCAAG GTGATGCGTTAGA3′(犅犪犿HⅠ) DHV13ABR:5′CGACTCGAGCTGGTC TTCCAATTCTTC3′(犡犺狅Ⅰ) 1.2.3 扩增 1.2.3.1 RT反应 RT反应采用20μL体系:5× buffer(含 Mg2+)4μL,dNTP(10mmol/L)4.0μL, 反向引物2μL,RNA酶抑制剂(RNasin)0.5μL,模 板9μL。反应条件为:70℃5min,42℃30min进  收稿日期:20090501 作者简介:党 龙(1982-),男,甘肃定西人,硕士研究生,主要从事动物传染病及免疫学研究。通讯作者 行反转录,95℃2min灭活。 1.2.3.2 PCR 扩增 采用50.00μL反应体系: ddH2O33.5μL,10×Tagbuffer(含 Mg 2+)5μL, dNTPs(10mmol/L)3μL,上 下 游 引 物 分 别 为 1.5μL,RT产物5μL,犜犪狇 聚合酶(2.5U/μL) 0.5μL。离心几秒后置于 PCR 扩增仪中反应,先 94℃3min;再94℃45s,54℃45s,72℃1min 的反应,共35个循环;最后72℃延伸8min。PCR 产物经10g/L的琼脂糖凝胶电泳后,拍照并分析记 录结果。 1.2.4 克隆测序 凝胶回收目的基因,与pGEMT easy载体连接,转化JM109感受态细胞,随机选取 Amp/LB培养基上生长的菌落,扩大培养,提取质 粒,通过菌落PCR和双酶切鉴定重组质粒,送上海 生工生物工程技术服务有限公司测序。 1.2.5 特异性和敏感性检验 将提取的 DHV1 RNA作10倍稀释(2×108pg~20pg),每个稀释度 各取10μL按照1.2.3所述的反应条件进行 RT PCR扩增检测其敏感性。并对 NDV、IBDV、DPV、 GPV和健康的鸭肝组织等RNA按照相同条件进行 RTPCR扩增,检测其特异性。 1.2.6 RTPCR法的临床应用 利用建立的RT PCR方法对2株JXauF毒株和17份采自不同地区 疑似鸭病毒性肝炎的肝脏病料进行检测,同时与中 和试验比较检测的符合率。 2 结果 2.1 RTPCR DHV1JXauF株 RTPCR产物于10g/L琼 脂糖凝胶上电泳,结果表明扩增产物大小约为 300bp,与预期结果相符。正常鸭肝组织作对照,未 检出目的条带(图1)。 2.2 重组质粒酶切 JXauF毒株重组质粒上有犡犺狅Ⅰ和犅犪犿HⅠ 酶切位点,经双酶切后,分别获得大小约为300bp 的插入片段和4900bp的载体(图2)。   M.DNA标准DL2000;1.JXauF株3AB基因;        M.DNA标准DL2000;1.JXauF毒株重组质粒;   2.健康鸭肝组织对照                    2.JXauF毒株重组质粒双酶切产物   M.DNAMarkerDL2000;1.3ABgeneofJXauFstrain;    M.DNAMarkerDL2000;1.JXauFrecombinantplasmid;   2.Negativecontrol(DHV1uninfectedducklingliversample)   2.JXauFrecombinantplasmiddigestedwith犅犪犿HIand犡犺狅Ⅰ     图1 JXauF株扩增产物的电泳结果           图2 JXauF毒株重组质粒的酶切鉴定 Fig.1 EletrophoresisofproductsamplifiedfromJXauFstrain   Fig.2 EzymedigestionidentificationofJXauFrecombinantplasmid 2.3 序列测定与分析 用T7通用引物对阳性重组质粒进行测序,结果 表明RTPCR产物的长度为312bp,与已发表的 3AB核苷酸序列同源性比对发现,JXauF株核苷酸 序列变化主要集中在两端,与EU357805(中国分离 CGY株)同源性最高,为96.2%;氨基酸同源性比 较 发 现,JXauF 株 与 EU877916 同 源 性 最 高 (98.4%),与EU357805(中国分离CGY株)次之, 为96.8%,其余的则亲缘关系较远。 2.4 敏感性和特异性的检验 建立的RTPCR方法能够从JXauF毒株中扩 增出大小为312bp的片段。而正常的雏鸭肝组织、 NDV、IBDV、DPV和GPV的扩增结果均为阴性(图 3)。因此该法具有很强的特异性,能够作为检测 DHV1的可靠方法,操作简单易行,且重复性好。 敏感性检验见图4,从图4可看出RTPCR方法最 低可检测出20pg核酸模板。 64 动物医学进展 2009年 第30卷 第10期(总第195期)   M.DNA标准DL2000;1.JXauF毒株;2.健康鸭肝组织;        M.DNA标准DL2000;1.未稀释的JXauF毒株RNA;   3.NDV;4.IBDV;5.DPV;6.GPV                  2~10.2×108pg~20pgDHV1的RNA模板   M.DNAMarkerDL2000;1.JXauFstrain;2.Healthduckliver    M.DNAMarkerDL2000;1.UndilutedRNAofJXauF;   tissue;3.NDV;4.IBDV;5.DPV;6.GPV               210.2×108pg20pgRNAofDHV1        图3 特异性检验                   图4 敏感性检验       Fig.3 Specificitytest                   Fig.4 Sensitivitydetection 2.5 RTPCR方法的初步应用 应用本试验建立的RTPCR方法对2株江西分 离株和17份采自不同地区疑似鸭肝炎病例的肝脏 病料进行检测,结果90%的可以扩增出大小为312 bp的单一条带(图5、图6)。同时结果与病毒中和试 验比较,符合率为100%。   M.DNA标准DL2000;1~2.JXauF毒株;             M.DNA标准DL2000;1~10.疑似DHV1病料中RTPCR   3~9.疑似DHV1病料RTPCR产物               产物   M.DNAMarkerDL2000;12.JXauFstrain;            M.DNAMarkerDL2000;110.RTPCRproductsofdoubtful   39.TheRTPCRproductsofdoubtfulsamplesofDHV1       samplesofDHV1      图5 DHV1临床病例检测结果               图6 DHV1临床病例检测结果   Fig.5 RTPCRresultsofDHV1fromclinicsamples          Fig.6 RTPCRresultsofDHV1fromclinicsamples 3 讨论 DHV1的检测已建立了多种方法。病毒中和 试验[24]虽是普遍认为的权威诊断方法,但因其操作 繁琐、费时、成本高,不能用于快速诊断,不适于基层 的推广应用;琼脂扩散试验[56]对抗原和抗体的要求 严格,检测的DHV抗原需经匀浆浓缩。所用抗体 是兔抗DHV抗体,如果抗原不纯,则会产生非特异 性沉淀,且琼脂扩散试验灵敏度不高;荧光抗体技 术[7]费用较高,对设备的要求很高,使得目前基层很 少应用荧光抗体法进行DHV的检测;酶联免疫吸 附试验[810]虽然具有很高的敏感性和特异性,但 DotELISA法检测DHV1易受组织中色素的干扰, 且单抗的供应尚未商业化,使其推广受到了限制;免 疫电镜技术[11]对设备的要求较高,现主要用于科研, 临床诊断受到限制。本试验建立的RTPCR方法检 测DHV1具有快速、敏感、特异性高、操作简单、易 标准化等优点,结合临床症状和病理剖检变化,只需 5h即可得出结果。与上述传统方法相比,极大地缩 短了诊断时间,对早期确诊DHV1具有十分重要的 意义。 本试验RTPCR的建立是以DHV1的保守基 因3AB而设计的引物,只能扩增出DHV1,而对正 常的鸭肝组织、NDV、IBDV、DPV和GPV的扩增均 为阴性,特异性很强。马秀丽等[12]报道了RTPCR 方法可检测出100pg的模板RNA,程安春等[13]也 报道了该方法可检测出30pg的DHV1的RNA。 本试验建立的RTPCR方法能敏感的检测出DHV 1,最低可检测出20pg的核酸模板。 克隆测序进一步验证了所建立的RTPCR方法 的正确性,通过与GenBank上已发表的序列同源性 比对发现,JXauF株3AB基因与EU357805(中国 分离CGY株)3AB基因同源性最高,为99.7%,亲 缘关系最近,但不同的地方核苷酸序列有所改变;氨 基酸比对说明,变化主要集中在3AB基因的两端, 且有连续7个氨基酸发生突变,但JXauF株3AB 74党 龙等:Ⅰ型鸭肝炎病毒RTPCR检测方法的建立及初步应用 与其他 DHV1核苷酸序列的相似性均在96%以 上,表明JXauF株3AB与世界其他地方不同的 DHV1分离株之间,病毒基因组的一级结构具有较 高的同源性。 本试验建立的RTPCR方法,经过对临床采集 的病料的初步应用表明,该方法的敏感性和特异性 很高,能用于临床对DHV1进行快速检测,在雏鸭 引进和养殖过程中做出快速准确的诊断,减少经济 损失,为DVH1的预防和诊治提供了有力的依据。 犈狊狋犪犫犾犻狊犺犿犲狀狋狅犳犚犲狏犲狉狊犲犜狉犪狀狊犮狉犻狆狋犻狅狀犪犾犘狅犾狔犿犲狉犪狊犲犆犺犪犻狀 犚犲犪犮狋犻狅狀犳狅狉犇犲狋犲犮狋犻狅狀狅犳犇狌犮犽犺犲狆犪狋犻狋犻狊狏犻狉狌狊犜狔狆犲1 DANGLong1,DENGShunzhou1,ZHANGWenbo1, DAIYimin1,CHENSongchang2 (1.犆狅犾犾犲犵犲狅犳犃狀犻犿犪犾犛犮犻犲狀犮犲,犑犻犪狀犵狓犻犃犵狉犻犮狌犾狋狌狉犪犾犝狀犻狏犲狉狊犻狋狔,犖犪狀犮犺犪狀犵,犑犻犪狀犵狓犻,330045,犆犺犻狀犪; 2.犖犪狀犮犺犪狀犵犑犻狀犿狌犃狀犻犿犪犾犎犲犪犾狋犺犛犲狉狏犻犮犲狊犆狅犿狆犪狀狔,犖犪狀犮犺犪狀犵,犑犻犪狀犵狓犻,330013,犆犺犻狀犪) 犃犫狊狋狉犪犮狋:AccordingtothesequenceofRNApolymeraseencodingregioningenomeofduckhepatitisvirus type1(DHV1),primersweredesignedwithhelpofoligodesignsoftware,andaRTPCRassayforthe detectionofDHV1wasdeveloped.Aspecific312bpfragmentwasamplifiedfromRNAtemplateswhich wereisolatedfromJiangxi.Throughthedetectionofspecificityandsensitivity,it'sprovedthatnobands wereamplifiedwithtemplatesextractedrespectivelyfromNewcastlediseasevirus(NDV),infectiousbursal disease(IBDV),duckplaguevirus(DPV),goslingparvovirus(GPV)andDHV1uninfectedducklivertis sue.ThesensitivityoftheRTPCRassaywas20pg.Furthermore,theexpectedgenewascertifiedthrough cloningandsequencing.ThisRTPCRmethodcanbereadilyadaptedfordetectionofDHV1fromclinical samples. 犓犲狔狑狅狉犱狊:Duckhepatitisvirustype1;RTPCR;detection 参考文献 见《动物医学进展》2009年第10期 84 动物医学进展 2009年 第30卷 第10期(总第195期)
/
本文档为【Ⅰ型鸭肝炎病毒 RTPCR 检测方法的建立及初步应用】,请使用软件OFFICE或WPS软件打开。作品中的文字与图均可以修改和编辑, 图片更改请在作品中右键图片并更换,文字修改请直接点击文字进行修改,也可以新增和删除文档中的内容。
[版权声明] 本站所有资料为用户分享产生,若发现您的权利被侵害,请联系客服邮件isharekefu@iask.cn,我们尽快处理。 本作品所展示的图片、画像、字体、音乐的版权可能需版权方额外授权,请谨慎使用。 网站提供的党政主题相关内容(国旗、国徽、党徽..)目的在于配合国家政策宣传,仅限个人学习分享使用,禁止用于任何广告和商用目的。

历史搜索

    清空历史搜索