序列数据库搜索系统BLAST
序列数据库搜索系统BLAST
—农科院研究生实用生物信息技术课讲稿
2006年10月15日
罗静初
北京大学生物信息中心
Centre of Bioinformatics
Peking University
luojc@pku.edu.cn
http://www.cbi.pku.edu.cn/
提 纲
何为BLAST?
为何BLAST?
何处BLAST?
如何BLAST?
何为BLAST
• 原文:Basic Local Alignment Search Tool
• 直译:基本局部排比搜索工具
• ...
序列数据库搜索系统BLAST
—农科院研究生实用生物信息技术课讲稿
2006年10月15日
罗静初
北京大学生物信息中心
Centre of Bioinformatics
Peking University
luojc@pku.edu.cn
http://www.cbi.pku.edu.cn/
提 纲
何为BLAST?
为何BLAST?
何处BLAST?
如何BLAST?
何为BLAST
• 原文:Basic Local Alignment Search Tool
• 直译:基本局部排比搜索工具
• 意译:基于局部序列排比的常用数据库搜索工具
• 含义:蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关
数据库
• 用法:以一个或几个蛋白质或核酸序列为检测序列,
搜索蛋白质或核酸序列数据库,寻找与检测序列中一
个或多个片段具有较高相似性的一组序列,
Search BLAST with Google
(14 Oct 2006)
• BLAST + database: 18,600,000 hits
1st hit: BLAST tutorial
• BLAST + bioinformatics: 3,310,000 hits
1st hit: NCBI Tools for Bioinformatics
Research
BLAST + sequence: 14,600,000 hits
1st hit: BLAST Information
为何BLAST
• 使用方便、功能齐全
• 速度快、结果可信
• NCBI精心维护、持续开发
• 配套数据库不断更新
• 免费服务(NCBI、EBI、TIGR)
• 免费下载,本地安装
何处BLAST
• NCBI - National Center for Biotechnology
Information (US)
• EBI - European Bioinfromatics Institute (EU)
• TIGR - The Genome Institute (US)
• Sanger - Sanger Institute (UK)
• UK-CropNet - The UK Crop Plant
Bioinformatics Network (UK)
• WU-BLAST - Washington University (US)
蛋白质蛋白质BlastP
核酸核酸tBlastX
核酸蛋白质tBlastN
蛋白质核酸BlastX
核酸核酸BlastN
数据库检测序列程序
BLAST程序选择
(Query) blastx (Database)
nucleic acid ----------------------- protein
| |
blastn / tblastx blastp
| |
nucleic acid ------------------------ protein
(Database) tblastn (Query)
BLAST程序选择
如何BLAST
• Prepare your query sequence
• Select the right database
• Adjust the parameters
• Check the BLAST output
• Make a summary
本地BLAST
• Install the BLAST package
• Create a database in FASTA format
– Find a set of entries in EXPAsy or SRS
– Download database from NCBI
– Construct your own database
• Make BLAST format database
formatdb -i
• Run BLAST locally
Blastall -p -d -i query
-o
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