质粒DNA的琼脂糖凝胶电泳nullDNA的琼脂糖凝胶电泳
DNA的琼脂糖凝胶电泳
一、目的要求
二、原理
1、类型:
(1)聚丙烯酰胺凝胶电泳
适合分离1kb以下的片段,最高分辨率可达1bp,也用于分离寡核苷酸,在引物的纯化中也常用此中凝胶进行纯化,也称PAGE纯化。
一、目的要求
二、原理
1、类型:
(1)聚丙烯酰胺凝胶电泳
适合分离1kb以下的片段,最高分辨率可达1bp,也用于分离寡核苷酸,在引物的纯化中也常用此中凝胶进行纯化,也称PAGE纯化。
(2)琼脂糖凝胶电泳
可分离的DNA片段...
nullDNA的琼脂糖凝胶电泳
DNA的琼脂糖凝胶电泳
一、目的要求
二、原理
1、类型:
(1)聚丙烯酰胺凝胶电泳
适合分离1kb以下的片段,最高分辨率可达1bp,也用于分离寡核苷酸,在引物的纯化中也常用此中凝胶进行纯化,也称PAGE纯化。
一、目的要求
二、原理
1、类型:
(1)聚丙烯酰胺凝胶电泳
适合分离1kb以下的片段,最高分辨率可达1bp,也用于分离寡核苷酸,在引物的纯化中也常用此中凝胶进行纯化,也称PAGE纯化。
(2)琼脂糖凝胶电泳
可分离的DNA片段大小因胶浓度的不同而异,胶浓度为0.5~0.6%的凝胶可以分离的DNA片段范围为20bp~50kb。电泳结果用荧光染料染色后可直接在紫外下观察,并且可观察的DNA条带浓度为纳克级,而且整个过程一般1小时即可完成。由于该方法操作的简便和快速,在基因工程中较常用。 (2)琼脂糖凝胶电泳
可分离的DNA片段大小因胶浓度的不同而异,胶浓度为0.5~0.6%的凝胶可以分离的DNA片段范围为20bp~50kb。电泳结果用荧光染料染色后可直接在紫外下观察,并且可观察的DNA条带浓度为纳克级,而且整个过程一般1小时即可完成。由于该方法操作的简便和快速,在基因工程中较常用。琼脂糖:从琼脂中分离得到,由1,3连接的吡喃型b-D-半乳糖和1,4连接的3,6脱水吡喃型阿a-L-半乳糖组成,形成相对分子量为104~105的长链。
琼脂糖加热溶解后分子呈随机线团状分布,当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用相连接,形成孔径结构,随着琼脂糖浓度不同形成不同大小的孔径。琼脂糖:从琼脂中分离得到,由1,3连接的吡喃型b-D-半乳糖和1,4连接的3,6脱水吡喃型阿a-L-半乳糖组成,形成相对分子量为104~105的长链。
琼脂糖加热溶解后分子呈随机线团状分布,当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用相连接,形成孔径结构,随着琼脂糖浓度不同形成不同大小的孔径。null不同类型琼脂糖分离DNA片段大小的范围
2、DNA电泳影响因素
主要分两方面:DNA分子特性和电泳条件。
(1)DNA分子大小
DNA分子越大在胶中摩擦阻力就越大,泳动也越慢,
迁移速率与线状DNA分子质量的对数值成反比。
(2)DNA分子构型
相同分子量质粒DNA,构型不同电泳时受的阻力不同,泳动速率不同。常规电泳中质粒DNA分子的3种构型泳动速率:超螺旋最快、线状次之,开环最慢。 2、DNA电泳影响因素
主要分两方面:DNA分子特性和电泳条件。
(1)DNA分子大小
DNA分子越大在胶中摩擦阻力就越大,泳动也越慢,
迁移速率与线状DNA分子质量的对数值成反比。
(2)DNA分子构型
相同分子量质粒DNA,构型不同电泳时受的阻力不同,泳动速率不同。常规电泳中质粒DNA分子的3种构型泳动速率:超螺旋最快、线状次之,开环最慢。 (3)胶浓度
(4)电场强度:根据需要选择合适电压。
为了尽快得到实验结果,所用电场强度约为5V/cm,
但分辨率不高。
精确测定DNA分子大小时,电压1V/cm。
(5)溴化乙锭 简称EB,电泳中的染色剂。(3)胶浓度
(4)电场强度:根据需要选择合适电压。
为了尽快得到实验结果,所用电场强度约为5V/cm,
但分辨率不高。
精确测定DNA分子大小时,电压1V/cm。
(5)溴化乙锭 简称EB,电泳中的染色剂。具有扁平 结构,能嵌入到DNA碱基对间,对线状分子与开环分子影响较小而对超螺旋态的分子影响较大。具有扁平 结构,能嵌入到DNA碱基对间,对线状分子与开环分子影响较小而对超螺旋态的分子影响较大。(6)电泳缓冲液
常用DNA电泳缓冲液(1000ml)
TAE (50×)
242gTris
57.1ml 冰乙酸
100ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
(6)电泳缓冲液
常用DNA电泳缓冲液(1000ml)
TAE (50×)
242gTris
57.1ml 冰乙酸
100ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
TBE(5×)
54gTris
27.5硼酸
20ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
TPE (10×)
108g Tris
15.5ml 磷酸 (85%,1.679g/ml)
40ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
TBE(5×)
54gTris
27.5硼酸
20ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
TPE (10×)
108g Tris
15.5ml 磷酸 (85%,1.679g/ml)
40ml 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
3、DNA电泳上样缓冲液
主要作用如下:
(1) 螯合Mg2+,防止电泳过程中DNA被降解(2) 增加样品密度以保证DNA沉入加样孔内,一般上样缓冲液中加入一定浓度的甘油或蔗糖,这样可以增加样品的比重。大片段电泳中采用Ficoll(聚蔗糖),可减少DNA条带的弯曲和托尾现象。
(3)指示剂监测电泳的行进过程,一般加入泳动速率较快的溴酚蓝指示电泳的前沿,它的速率约与300bp的线状双链DNA相同。 3、DNA电泳上样缓冲液
主要作用如下:
(1) 螯合Mg2+,防止电泳过程中DNA被降解(2) 增加样品密度以保证DNA沉入加样孔内,一般上样缓冲液中加入一定浓度的甘油或蔗糖,这样可以增加样品的比重。大片段电泳中采用Ficoll(聚蔗糖),可减少DNA条带的弯曲和托尾现象。
(3)指示剂监测电泳的行进过程,一般加入泳动速率较快的溴酚蓝指示电泳的前沿,它的速率约与300bp的线状双链DNA相同。 4、 DNA电泳上样量的控制
性电泳中,一般样品投入量达50~100ng/带,即可观察到清晰结果。
珍贵DNA样品则上样量达电泳的最低分辨率5~10ng/带也可。 4、 DNA电泳上样量的控制
分析性电泳中,一般样品投入量达50~100ng/带,即可观察到清晰结果。
珍贵DNA样品则上样量达电泳的最低分辨率5~10ng/带也可。 null5、 DNA电泳的
分子量(DNA Marker)
目前各厂商开发了各种类型的标准分子量。
nullnull6、DNA染料
(1)溴化乙锭 简称EB,电泳中的染色剂。
(2)荧光染料
GoldViewTM核酸染料
(2)荧光染料
GoldViewTM核酸染料
nullnull三、实验操作步骤
琼脂糖凝胶的制备(浓度依照质粒大小确定).
凝胶板的制备
加样(加样体积在10~30ul)
电泳
结果观察nullnull 1:DNA Marker2;
2~3:Hind Ⅲ/EcoR Ⅰ双酶切的pET/dhaT质粒;
4:pET-28a-c(+)空质粒 1 2 3 4
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