杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法.doc

杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测.doc 杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法缺失～就是基因缺失～简单地说是没有了～实际上是不能表达某一蛋白了～或者干脆少了这一个位置。 杂合性缺失:实际就是杂合子～一对染色体上某一个染色体上基因缺失～与之配对的染色体上仍然存在。 纯合性缺失:实际就是纯合子～一对染色体上两个基因都缺失。 根据这个基因的特点～表现出来的形状完全不同～ 比如人类一些疾病就是这样～如果这个缺失基因是隐性基因～杂合子或杂合性缺失会表现出来缺失。实际上这个基因不能继续表达。因为隐性基因只能在纯合子中表现,个别例外～如性染色体,。 如果这个基因是显性基因～那么这种缺失可能不表现出来。因为显性基因不仅在纯合子中表现～在杂合子也表现。 具体应用过程～杂合子可以通过回交等方式～获得纯合子。 一般来说～对于一个确定的基因要检测在某种病中的突变情况～方法比较成熟～PCR-测序、PCR-SSCP、PCR-RFLP等。如果样本量较少且你所研究的目的基因较小～采用PCR或RT-PCR的方法获得目的片段后直接测序是很可行的方法,目前测序一个反应只有不到60元人民币,,但如果样本量较大且所研究的目的基因较大的话～直接测序可能费用较高～一般可采用PCR-SSCP、PCR-RFLP。 不管采用哪种方法检测基因的点突变都涉及到PCR扩增目的片段～因而涉及到引物设计～引物设计由你的研究、研究方法、目的基因等决定:如果你能得到患者的病灶部位组织材料的话,从这些材料中提取RNA,～可根据基因的cDNA序列设计引物,如果目的基因太大～则需要设计多条引物,如果采用PCR-SSCP的方法检测突变～则需要每200bp左右设计一对引物,,如果你只能获得患者的血样的话～就从血样中提取基因组DNA～检测基因突变时～必须每个外显子设计一对引物～对于较大的外显子～还需设计多条引物～当然如果采用PCR-SSCP的方法检测突变～同样需要在基因的外显子上每200bp左右设计一对引物。如果你想检测外显子内含子之间的剪接位点突变～可根据目的基因所在的基因组序列设计引物。 对于缺失,杂合缺失或纯合缺失,的检测方法～一般来说～就是PCR或RT-PCR～然后进行普通的琼脂糖凝胶电泳即可。首先根据缺失部位两侧设计一对引物～然后以基因组DNA或RNA为模板～进行PCR或RT-PCR扩增～普通的琼脂糖凝胶电泳后～可通过扩增产物及大小直接判断:只得到一条扩增产物且扩增产物与目的片段大小一致的患者～为不存在此部位缺失的患者,只得到一条扩增产物且扩增产物较小的患者～即为纯合缺失,有2条扩增产物～一条与野生型大小相同～另一条与缺失的相同～即为杂合缺失。 关于杂合性缺失的检测 vitzj: 检测杂合性缺失通常用定量荧光检测str不同重复次数的峰值. 如果两个峰值之前的比例是1:1,说明一对等位基因都存在,未缺失; 如果比值不是1:1,且差别比较大,说明可能有杂合性缺失; 如果只有一个峰,有两种可能: 1.正常基因组是有两个峰的,那么有缺失. 2.正常基因组只有一个重合峰,则看标本的峰是不是将近两倍高,如果是说明是正常,如果峰值比较低,不到两倍,那有可能是缺失,但这样判断不精确,通常需要换一个位点再看. vitzj: 纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失; 杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在抑癌基因上就可能导致肿瘤. 检测方法有FISH,str,和snp fish就不多说了,结果判断简洁明了,但贵,而且操作难度大. str 一对同源染色体上同一str位点的重复次数不一定相同,pcr扩增str全长,再跑胶,如果出现两条带,就说明该str位点是杂合子,假如你在肿瘤细胞中只看到一条带,那说明有杂合性缺失发生了. 但如果该位点本来就是纯合子,那该位点被认为是信息不够丰富,需要结合其他位点来看,所以做str需要多个位点. 如果没有正常DNA做对照,就算你跑出来全都是单峰,也不从上面可以知道, 能说明问,万一他就是个全纯合子呢? 以上说得是跑page胶的方法,用测序仪做会简单些,但原理一样的.结果判断上 面的帖子讲了. snp原理也类似,不多说了 自己的电脑不在身边,只能大概相关地推荐你看看. Genome-Wide Genetic Characterization of Bladder Cancer: A Comparison of High-Density Single-Nucleotide Polymorphism Arrays and PCR-based Microsatellite Analysis 这篇文章讲到了检测杂合性缺失比较常用的方法snp和str 做snp可能需要MGB探针,会贵些,做str如果你有测序仪就比较方便.如果没有的话就pcr再跑page胶,麻烦但很便宜 纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失; 杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在抑癌基因上就可能导致肿瘤. 这个说法不太准确吧～杂合性丢失～ 是vitzj 所说的丢失了一条～一对抑癌基因丢失了其中之一～变成了杂合子～这是第一次突变～一般发生在出生前～后来再发生第二次突变时～就是杂合子变成了纯合子～也就是杂合性缺失～抑癌基因缺失～与肿瘤的发生相关。指肿瘤基因组中特定染色体上的某种DNA多态标记的等位基因片段,由同一患者正常组织基因组的两种变成一种～即等位基因型由杂合子变成纯合子.而不是丢失了一条同源染色体的基因。其实这个也就是肿瘤发生学中的“二次突变学说”