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亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血酶原的GLA domain相互作用的动力学模拟

2017-12-27 24页 doc 282KB 31阅读

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亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血酶原的GLA domain相互作用的动力学模拟亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血酶原的GLA domain相互作用的动力学模拟 亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血 酶原的 GLA domain 相互作用的动力学 模拟 韦静1,李利1,25 (1. 南京师范大学化学与材料科学学院,南京 210023; 2. 江苏省生物功能材料重点实验室,南京 210097) 摘要:如今,生物医用材料的研究发展十分迅速,但是作为医用材料的生物相容性评价只能 为我们提供宏观的具体现象,并不能为我们解释其分子层面上的机理。而分子模拟作为从理 论上研究复杂分子体系的最直接方法之一...
亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血酶原的GLA domain相互作用的动力学模拟
亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血酶原的GLA domain相互作用的动力学模拟 亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血 酶原的 GLA domain 相互作用的动力学 模拟 韦静1,李利1,25 (1. 南京师范大学化学与材料科学学院,南京 210023; 2. 江苏省生物功能材料重点实验室,南京 210097) 摘要:如今,生物医用材料的研究发展十分迅速,但是作为医用材料的生物相容性评价只能 为我们提供宏观的具体现象,并不能为我们解释其分子层面上的机理。而分子模拟作为从理 论上研究复杂分子体系的最直接之一,特别适合用来模拟和解释蛋白质与材料表面相互 10 作用。本文使用分子模拟软件 Discovery Studio 2.1,在显性溶剂环境下,以人体血液中的凝 血酶原的 GLA domain 作为研究对象,对蛋白质(片段)与不同亲水性结构改性的聚氨酯材 料表面相互作用体系进行分子动力学模拟;同时,将单独的 GLA domain 体系的分子动力学 模拟作为 GLA domain 的自然状态,供其他 GLA domain 与材料表面相互作用体系进行对比。 通关计算得出相关分析数据(如均方根偏移、二面角变化、相互作用能等)的比较,可以得 15 出维持蛋白自然状态最佳的聚氨酯材料表面以及不同材料表面的性质与蛋白相互作用的关 系,为设计抗凝血效果更佳的生物材料提供理论依据。 关键词:分子动力学模拟;蛋白质—材料表面相互作用;显性溶剂环境;血液相容性 中图分类号:O631.3 20 Molecular Dynamics Simulation of the Effect of Different Hydrophilically Modified Polyurethane Surfaces on Native Behavior of the Prothrombin GLA domain Wei Jing1, Li Li1,2 25 (1. College of Chemistry and Materials Science, Nanjing Normal University, NanNing 210023; 2. Jiangsu Engineering Research Center For Biomedical Function Materials, Nanjing Normal University, NanJing 210097) Abstract: Nowadays, biomedical materials research develops so quickly. However, the experimental evaluation for material’s biocompatibility only can provide us with specific results, and it can’t explain the clotting mechanism on the molecular level. As the most direct method of 30 theoretically investigating the behaviors of complex molecular systems, molecular modeling is very suitable for the simulation and explanation of the protein-surface interactions. So we use the molecular modeling software, Discovery Studio 2.1 for the following research. We choose the GLA domain of prothrombin as research objects to simulate the system of protein and different hydrophilic structure grafted polyurethane surface interactions in the explicit solvent model. In 35 addition, the system of undisturbed protein is simulated to represent the natural behavior due to compared with other interaction systems. By comparing the relevant data (RMSD, the deformation of dihedral angle and interaction energy), we can obtain the polyurethane surface which most maintaining the natural behavior of protein as well as the relationship of surface properties and protein interaction. It also can provide a theoretical basis for designing better anti-clotting 40 biomaterials. Keywords: Molecular dynamics simulation; Protein-surface interaction; Explicit solvent model; Blood compatibility 作者简介:韦静,(1987-),女,主要研究方向:材料与蛋白相互作用的动力学模拟。 通信联系人:李利,(1970-),男,教授,主要研究方向:生物功能材料的研究。lili3@nuju.edu.cn -1- 45 0 引言 “维持自然状态说”认为:血液与材料接触而发生的一系列生化反应,包括血液的凝固 在内,在分子水平上都是起因于血蛋白或血细胞自然状态的改变,其中包括血蛋白或血细胞 原有优势构象及构象转变规律的变化。因此作为抗凝血生物医学高分子材料,其表面分子结 构应能维持与其相接触的血蛋白或血细胞的自然状态。该学说还提出亲水性结构有利于维持 蛋白的自然状态,因而具有良好的血液相容性[1]。 50 研究人员利用各种实验技术来探究蛋白质与界面之间作用的奥秘,掌握了大量的第一手 资料,对相关的实验研究进行了总结,但是这一体系本质上的复杂性使得现阶段仅凭实验还 无法对其机理进行细致的研究[2-6]。分子模拟已经在许多领域取得了成功。它的一个优势在 于可以提供一些在现阶段实验还无法或者很难观测的信息,为解释机理提供理论依据。例如, 现阶段利用实验手段测量蛋白质和界面作用时周围水分子的结构和行为花费昂贵且十分困 55 难,通过分子模拟得到一些水分子的行为特征,如密度梯度、扩散能力等可作为研究的参考 [7,8] 。 本文采用动力学方法模拟不同亲水性(阴离子性、阳离子性、两性)聚氨酯材料与蛋白 相互作用[9],与实验结果相比较,得出抗凝血性能较好的一类聚氨酯材料。从而从分子水平 上提供白蛋白、纤连蛋白与不同性质的自组装单层膜和不同亲水性聚氨酯材料相互作用的细 60 节,这对于我们深入了解血蛋白与材料相互作用机制具有重要的指导意义。 1 凝血酶原的 GLA domain 与亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面的 相互作用的动力学研究 凝血酶原是在凝血机制中起着中心点的作用。在激活的凝血因子V和由血小板或其他细 胞提供的磷脂表面存在的条件下,被激活的凝血因子X激活形成凝血酶。凝血酶是一种蛋白 65 水解酶,对多种凝血因子具有水解作用。凝血酶使纤维蛋白原转变成纤维蛋白。另外还具有: (1) 诱导血小板聚集;(2)激活 FXIII;(3)是纤溶酶原转变成纤溶酶,从而激活纤溶系 统;(4)激活由凝血酶激活的纤溶抑制物;(5)激活 FV、FVIII、FXI,生成更多的凝血 酶;(6)激活蛋白 C 系统;(7)刺激伤口愈合。因此凝血酶原缺乏或结构异常使凝血酶 导致凝血机制的异常。国内外学者运用实验和分子模拟的方法进行了不少研究,Alison F[10] 70 等研究了凝血酶原的 GLA domain与无机的和尿酸草酸钙晶体表面的相互作用的实验和模拟 计算,研究凝血因子II在无机材料表面的吸附现象。Morrissey[11]等人以凝血酶原的 GLA domain 为研究对象,研究了凝血反应中蛋白—细胞膜的相互作用,以及是如何发生后续的 一系列催化反应的。Walkey[12]等人也以凝血酶原为研究对象,研究了纳米生物材料与机体 内蛋白的相互作用与控制。 75 1.1 分子动力学模拟的工作条件 工作站:IBM 7141;Dell T3400 work station 软件:Materials Studio 4.4[13];Discovery Studio 2.1[14];Origin 8.0 1.2 分子动力学模型的建立 80 1.2.1 凝血酶原的 GLA domain 我们从 PDB 蛋白数据库网站中下载凝血酶原(PDB ID:2PF2)的蛋白构象[15],随即用 Discovery Studio 软件切下氨基酸序列号为 1-48 号的这段 GLA-domain,图 1 即为凝血酶原 -2- 的 GLA-domain 的蛋白带状图,并用绿色小球标出与其络合的 Ca2+。在对蛋白片段进行必要 的处理后,对 GLA-domain 赋予 CHARMM 力场[16-18],并将其置于真空环境下进行 1ns(温 85 度 310 K,PH=7.4,time step=1fs)的简单的分子模拟,得到凝血酶原的 GLA-domain 的一 个随机构象。 图 1 凝血酶原的 GLA-domain Fig. 1 GLA domain of prothrombin 90 材料表面 1.2.2 医用材料的生物相容性与材料表面化学性质相关。存在于血液中或体液中的蛋白质与材 料表面发生相互作用,继而蛋白质的构象就会有或大或小的变化,从而影响蛋白质的功能 [19] 。为了进行对比研究,本文选择了不同亲水性结构修饰的聚氨酯材料:阳离子型(甲基 95 丙烯酰氧乙基三甲基氯化铵 DMC、二甲基二烯丙基氯化铵 DMDAAC);、阴离子型(苯乙 烯磺酸纳 SSS、甲基丙烯酸钠 MAA);两性离子型(甲基丙烯酰氧乙基二甲胺基丙磺酸盐 DMAPS)以及双离子型(Dual ion)修饰的聚氨酯材料,为了使材料在溶剂环境中有一定的 飘动性,聚氨酯材料中的 N 原子锁定不动,其他原子可以在溶剂环境中自由运动。模拟用 的这些材料与本研究小组的蔡贤美实验所改性的聚氨酯材料一致,以验证实验结果。 1.3 体系模型的构建 100 在 Material Studio4.4 软件中,使用 Build Layer 模块将材料层与 GLA domain 构建出蛋 白—材料相互作用的模型,蛋白与材料之间的初始距离为 5Å,显性溶剂环境下的凝血酶原 的 GLA domain 与材料相互作用的模型如图 2 所示,为了显示清晰,将模型中的水分子和盐 离子隐去。 A B -3- C D E F G 图 2 凝血酶原的 GLA domain 分别与(A)DMC-g-PU 材料表面;(B)DMDAAC-g-PU 材料表面;(C)SSS-g-PU 105 材料表面;(D)MAA-g-PU 材料表面;(E)DMAPS-g-PU 材料表面;(F)Dual ion-g-PU 材料表面;(G)PU 材料 表面相互作用体系的溶剂模型,图中的水分子和盐离子被隐去 Fig. 2 the GLA domain upon interaction with the (A) DMC-g-PU, (B) DMDAAC-g-PU, (C) SSS-g-PU, (D) MAA-g-PU, (E) DMAPS-g-PU, (F) dual ion -g-PU surface, (G) PU. (for clarity the explicit water molecules have been omitted) 110 2 体系相互作用的分子动力学模拟 使用 Discovery Studio 2.1 软件中提供的 Solvation 模块给模型加溶剂,其中溶剂模型为 显式的周期性边界(Explicit Periodic Boundary)模型[20],体系距离周期性边界的最小距离 (minimum distance from periodic boundary)为 5Å,NaCl 的浓度为 0.145kmol/L,加完溶剂后 115 的模拟体系如图 3 所示。在 CHARMm 力场下,pH=7.4,首先用 Steep Descent 和 Conjugate Gradient 各 5000 步对体系进行能量最小化,接着对体系加热到目标温度(310K),然后是 5000 步的体系平衡。最后,对单独的 GLA domain 体系以及 GLA domain 与不同亲水性结构 修饰的聚氨酯材料表面相互作用体系在 NPT 系综下进行 10ns 的分子动力学模拟,其中步长 为 2fs;体系的构象每 25000 步保存一个,共保存 200 个构象。本节将凝血酶原的 GLA domain 120 体系的分子动力学模拟作为 GLA domain 的自然状态,供 GLA domain 与不同亲水性结构修 饰的聚氨酯材料表面相互作用体系进行对比。 -4- 图 3 加完水后的 GLA domain 与 DMC-g-PU 材料相互作用的模型 Fig. 3 Model of the interaction of the GLA domain with the DMC-g-PU surface in explicit water 125 3 结果分析与讨论 经过 10ns 的分子动力学模拟后,GLA domain 在模拟前与模拟后的构象变化如图 4 所示。 Before After A B C -5- D E F G 图 4 GLA domain 分别与(A)DMC-g-PU 材料表面;(B)DMDAAC-g-PU 材料表面;(C)SSS-g-PU 材料表面; (D)MAA-g-PU 材料表面;(E)DMAPS-g-PU 材料表面;(F)Dual ion-g-PU 材料表面;(G)PU 材料表面相互作 用前(左边一列)和相互作用后(右边一列)蛋白的构象变化。 130 Fig. 4 Conformational changes in the GLA domain upon interaction with the (A) DMC-g-PU, (B) DMDAAC-g-PU, (C) SSS-g-PU, (D) MAA-g-PU, (E) DMAPS-g-PU, (F) dual ion -g-PU surface, (G) PU. The panel on the left shows the con,gurations and positions at the beginning of the simulations, while the panel on the right corresponds to those at the end of the simulations (for clarity the explicit water molecules have been omitted) -6- 135 3.1 均方根偏移分析 通过计算模拟过程中蛋白质分子中选定原子相对其初始构象的均方根偏移(RMSD)大 小,本文中选定的原子是 GLA domain 所有原子,即全原子(all atom)的 RMSD 来衡量 GLA domain 在不同模拟过程中的构象与初始构象的保持程度。 图 5 给出了 GLA domain 与不同材料表面相互作用体系及单独 GLA domain 体系 10ns 分子动力学模拟的 GLA domain 全原子(All atoms)RMSD 和活性位点, -loop[15]全原子的 140 RMSD 随时间变化的情况,图 5H 是单独 GLA domain 体系中 GLA domain 全原子 RMSD 和 , -loop 的 RMSD 值随时间变化的情况,从图中我们可以看出,GLA domain 的 RMSD 值在 3 左右处收敛。比较不同材料相互作用体系中 GLA domain 的全原子 RMSD 值,与单独 GLA domain 体系中全原子 RMSD 值的接近程度顺序为:GLA domain 与 MAA-g-PU 相互作用体 系 > GLA domain 与 SSS-g-PU 相互作用体系系 > GLA domain 与 DMAPS-g-PU 相互作用 145 体系> GLA domain 与 DMC-g-PU 相互作用体系> GLA domain 与 DMDAAC-g-PU 相互作用 体系> GLA domain 与 Dual ion-g-PU 相互作用体系> GLA domain 与 PU 相互作用体系。结 果显阴离子型亲水性结构 MAA 修饰的聚氨酯材料表面最有利于维持 GLA domain 的自然状 态。 8 8 DMDAAC-g-PU DMC-g-PU 6 6 4 4 2 2 RMSD/ Å RMSD/ Å 0 0 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000 Time/ps Time/ps B A 8 8 SSS-g-PU MAA-g-PU 6 6 4 4 2 2 0 0 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000 Time/ps Time/ps DRMSD/ Å RMSD/ Å C -7- 8 DMAPS-g-PU Dual ion -g-PU 8 6 6 4 4 2 2 RMSD/ Å RMSD/ Å 0 0 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000 Time/ps Time/ps F E 8 PU GLA domain 8 6 6 4 4 2 2 0 0 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000 Time/ps Time/ps RMSD/ Å RMSD/ Å H G 图 5 凝血因子 Factor II 的 GLA domain 分别与(A)DMC-g-PU 材料表面;(B)DMDAAC-g-PU 材料表面; 150 (C)SSS-g-PU 材料表面;(D)MAA-g-PU 材料表面;(E)DMAPS-g-PU 材料表面;(F)Dual ion-g-PU 材料表面; (G)PU 材料表面以及单独 Factor II 的 GLA domain 相互作用体系模型中 GLA domain(黑色曲线)和, -loop 片段(红色曲线)的全原子 RMSD Fig. 5 RMSD of GLA domain during the simulation on DMC-g-PU(A), DMDAAC-g-PU(B), SSS-g-PU(C), MAA-g-PU(D), DMAPS-g-PU(E), Dual ion -g-PU(F), PU(G) surfaces, GLA domain system(H), the curve in 155 black represent the all atom RMSD of whole GLA domain, the curve in red represent the all atom RMSD of the active site , -Loop of GLA domain 3.2 二面角形变的分布 蛋白质肽键中的 C-N 键由于共振现象而具有部分双键的特征,不能够自由旋转。其结 160 果使肽键处在一个刚性的平面上,此平面被称为肽键平面。两个肽键平面之间的 α-碳原子, 可以作为一个旋转点形成二面角(dihedral angle),二面角的变化,决定着多肽链在三维空间 中的排布方式,这是形成不同蛋白质构象的基础。由此可知,蛋白质二面角的变化,会引起 其生理功能的变化。 我们结合模拟过程中 GLA domain 每个氨基酸的二面角 , 和 , 的值,将这些二面角的 165 大小与自然状态下的各氨基酸的二面角相比较,得到 , , 和 , , ,再定义二面角形变 ,, * ,, [21] ,然后再分别以氨基酸的顺序为横坐标,形变值 ( Deformation ) = (Deformation)的大小为纵坐标作图。 从下图 6 我们可以看出,GLA domain 的所有氨基酸残基的形变大小分布情况从小到大 170 依次是:GLA domain 与 MAA-g-PU 相互作用体系 < GLA domain 与 DMAPS-g-PU 相互作 用体系< GLA domain 与 SSS-g-PU 相互作用体系 < GLA domain 与 DMDAAC-g-PU 相互作 用体系 < GLA domain 与 DMC-g-PU 相互作用体系 < GLA domain 与 Dual ion-g-PU 相互作 -8- 用体系 < GLA domain 与 PU 相互作用体系。与上述的 RMSD 分析结果相同,阴离子型亲水 性结构 MAA 修饰的聚氨酯材料表面最有利于维持 GLA domain 的自然状态。 175 200 200 DMDAAC-g-PU DMC-g-PU 150 150 100 100 Deformation Deformation Deformation 50 50 0 0 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 B A 200 200 SSS-g-PU MAA-g-PU 150 150 100 100 50 50 0 0 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 Deformation Deformation Deformation D C 200 200 DMAPS-g-PU Dual ion-g-PU 150 150 100 100 50 50 0 0 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 F E -9- 200 PU 150 100 Deformation 50 0 Phe5 Arg10 Gla15 Gla20 Arg25 Gla30 Leu35 Ala40 Tyr45 G 图 6 凝血酶原的 GLA domain 分别与(A)DMC-g-PU 材料表面;(B)DMDAAC-g-PU 材料表面;(C)SSS-g-PU 材料表面;(D)MAA-g-PU 材料表面;(E)DMAPS-g-PU 材料表面;(F)Dual ion-g-PU 材料表面;(G)PU 材料 表面显性溶剂模型中 GLA domain 中所有氨基酸残基二面角的形变(Deformation)分布情况 Fig. 6 Overall dihedral angular deformations of GLA domain residues after MD simulation on (A) DMC-g-PU, (B) 180 DMDAAC-g-PU, (C) SSS-g-PU, (D) MAA-g-PU, (E) DMAPS-g-PU, (F) Dual ion-g-PU, and (G) PU surfaces 3.3 表面相互作用能分析 表 1 表示的是不同材料表面与 GLA domain 相互作用能,以及范德华力和静电能对相互 作用能的贡献。从表中我们可以看出,相互作用能最小的是 GLA domain 与 MAA-g-PU 相 互作用体系,最大的是 GLA domain 与 PU 相互作用体系,说明 GLA domain 更倾向于吸附 185 在 PU 材料表面上,最不易吸附在 MAA-g-PU 材料表面。 表 1 GLA domain 与材料表面相互作用体系相互作用能情况以及范德华力和静电能对相互作用能的贡献 Tab. 1 VDM and electrostatic contributions to the interaction energy of the GLA domain and the various PU surfaces. 190 Eint (kJ/mol) Eintvdw (kJ/mol) EintES (kJ/mol) -37 -5 -32 DMC-g-PU -2 1 -3 DMDAAC-g-PU -48 -33 -15 SSS-g-PU -89 -8 -81 MAA-g-PU -76 -3 -73 DMAPS-g-PU 18 -1 19 Dual ion-g-PU 65 32 33 PU 4 结论 使用 Discovery Studio2.1 软件对凝血酶原的 GLA domain 与不同亲水性结构改性的聚氨 酯材料表面相互作用体系在显性溶剂模型进行 10ns 的分子动力学模拟。动力学模拟从分子 195 水平上提供 GLA domain 与材料表面相互作用的细节,通过 RMSD、氨基酸残基二面角分布 情况和蛋白—材料相互作用能的结果显示,甲基丙烯酸结构改性的聚氨酯材料表面与 GLA domain 相互作用体系模拟的结果最接近于凝血酶原的 GLA domain 自然状态的模拟结果,说 明 MAA 改性的聚氨酯保持蛋白的自然状态效果最佳。并且用显性溶剂模型模拟蛋白—材料 表面相互作用这一过程更加符合真实情况。主要是因为显性溶剂模型中考虑了水分子与材料 表面、水分子与蛋白之间的相互作用。 200 [参考文献] (References) [1] Zhu H M, Li B, Li L, et al. 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