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分子标记辅助选择在水稻抗病育种研究进展
官华忠
摘要:随着水稻高密度分子遗传图谱的构建和重要农艺性状的基因或QTL的定位,分子标记辅助选择逐渐用于质量和数量性状的遗传改良。本文综述了分子标记辅助选择在水稻抗稻瘟病、抗白叶枯病和抗细菌性条斑病的育种应用的研究进展,存在的问
和展望。
关键词:分子标记辅助选择,水稻育种,稻瘟病,白叶枯病,细菌性条斑病
水稻是全球重要的粮食作物之一,全世界有25亿以上的人口主食大米,其中中国是世界上最大的水稻生产和消费国,60%人口以稻米为主要食粮。自从实现杂交水稻三系配套以
2来,我国杂交水稻年种植面积1533.33万hm左右,约占水稻总面积的50,,而产量则占水
[1]稻总产的近60,,为我国粮食生产做出了巨大贡献。
然而,水稻病害的危害一直严重地影响着水稻生产。水稻病害种类很多,全世界有近百
[2]种,我国正式记载的达70余种,其中具有经济重要性的有20余种。稻瘟病、白叶枯病发生面积大,流行性强,危害严重,两者均为水稻 “三大病害”之一;同时由于近年来随着感病杂交水稻的大面积推广,细菌性条斑病发生日趋广泛和严重,也已成为我国南方稻区最重要的水稻病害之一。因此,筛选出具有持久抗瘟能力的种质资源做供体亲本,采用相宜的杂交配组方式,从而培育具有持久抗瘟能力的不育(保持)系和恢复系,并推广和种植抗病品种,是防治水稻稻瘟病病害的最经济有效的
。
目前国内多数育种单位还基本上是靠传统的
进行抗病育种,依赖于抗性鉴定和植株表型的选择,常常受到没有合适的致病菌株和病菌发病条件的限制,鉴定结果不准确,育种
[3]效率低。此外,用传统方法构建基因累加系(即基因聚合)是很困难的,难于选育出聚合多个抗病基因的持久抗病品种。
利用生物技术培育持久抗病性品种是现代开辟的新途径。例如分子标记辅助选择(Maker assisted selection, MAS),这种技术是通过分析与抗病基因紧密连锁的分子标记的基
[4]因型来对目标基因进行选择。它克服了传统选择方法的缺陷,具无与伦比的优越性,从而大大提高选择的可靠性,使育种进程加快,育种效率得到提高。更重要的是,通过分子标记辅助选择能够快速地将多个抗病基因聚合,培育出持久抗性品种。因此,该技术是加速水稻改良和提高改良水平的重要措施之一。本文就分子标记辅助技术在水稻抗病育种的进展及存
在问题进行综述。
1. 标记辅助选择的原理
标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)是指借助分子标记对目标性状的基因型进行选择。在作物遗传育种中,主要是应用分子标记辅助选择进行前景选择和背景选择。 1.1前景选择
[5]对目标基因的选择称为前景选择(Foreground seletion)。这是标记辅助选择的主要方面。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度,同时利用两侧相邻的两个标记对目标基因进行跟踪选择,比只用一个标记对目标基因进行选择,正确率要高很多。
[6]因而寻找与开发与目标基因紧密连锁的分子标记是进行前景选择的关键。当今,水稻全基因组的测序完成及大量SSR标记的开发和定位,使得SSR成为分子标记辅助选择的首选标记,并为分子标记应用于前景选择提供了广阔的发展空间,给育种工作带来了极大的方便。 1.2背景选择
对基因组中除了目标基因之外的其它部分(即遗传背景)的选择,称为背景选择
[5](background selection)。与前景选择不同的是,背景选择的对象几乎包括了整个基因组。
[7]Young等发展了一种基于分子图谱的图示基因型的分析方法,利用该方法可进行全基因组选择,即在基因组各染色体上选取多个标记,检测后代各标记的基因型。
在标记辅助选择中,可以同时进行前景选择和背景选择。首先进行前景选择,以保证不丢失目标基因,然后通过图示基因型,监测中选单株的整个基因型组成,选择具有最佳基因组合的单株,以加快育种进度。例如对番茄基因组进行的计算机模拟研究显示,如果每一回交世代产生30个植株,那么用分子标记对整个基因组进行选择,只需3代即能完全恢复成轮回亲本的基因型,而采用传统回交方法则需要6代以上。
2.标记辅助选择在抗病育种中的应用
分子标记辅助选择与传统回交育种技术相结合有利于控制优良性状的基因及多个基因的聚合,特别是有利于聚合多个抗病基因从而提高品种的抗性和抗谱。目前在水稻中对质量性状的MAS技术已日趋成熟,并取得了很大的成就,而对数量性状的MAS进展较为缓慢。
2.1 抗稻瘟病MAS
[8]目前的研究认为有40个以上主基因控制水稻的抗瘟性,这些基因已分别从l00多个品
[9][10]种或品系中鉴别出来,其中利用分子定位的已超过27个。如Yu等用感病籼稻Co39为遗传背景导入5173和Tetep的抗稻瘟病基因,采用短日高温处理快速加代法获得BF重组自交64
[11]系群体(RILs),定位了Pi-2(t)和Pi-4(t)。随后,Mew等进一步精细定位了这两个基
[12]因。刘士平等将Pi-1定位在RFLP标记RZ536和SSR标记RM144之间,图距分别
[13]为9.7和6.8cM。吴金红等进一步将Pi-2定位于分子标记RG64和AP22之间,图
[14]距分别缩小到0.9和1.2 cM。Wang用Co39为感病
导入持久抗瘟性品种Moroberekan 的抗稻瘟病基因构建重组自交系,于F代用127个RFLP标记检测抗病池和感病池,定位了Pi-57
[15](t)和Pi-7(t)基因。Naqiv等发现Pk157位于第十二染色体并与单拷贝克隆RG341紧密连锁,同时还发现Pi10位于第五染色体上,与RAPD标记PF6、PH8、RFLP标记RG182、RZ70
[16]紧密连锁。Zheng等也发现了位于第十二染色体上的抗稻瘟病基因与RG81、RG8659、
[17]RZ397紧密连锁。Pan等用SSR标记将Pi-15定位于第9号染色体。除了对抗稻瘟病主基因定位外,近年在稻瘟病抗性QTL的分子标记定位方面也取得较大的进展。目前已国内学
[18-22]者已采用多种方法定位了80个以上与稻瘟病数量性状抗性相关的QTL。这些抗性基因/QTL的分子标记定位是稻瘟病抗性的分子标记辅助育种和抗性基因或QTL的克隆的重要前提。如在分子标记定位的基础上,人们采用图位克隆的方法成功克隆了水稻抗稻瘟病基因
h[23][24][25][26]Pi-ta,Pi-b,Pi-9和Pi-K。
虽然有较多的稻瘟病抗性/QTL的分子标记定位已完成,但已成功应用于育种的稻瘟病
[27]抗性基因只有少数几个主效基因,如Pi-1,Pi-2,Pi-9,Pi-d,Pi-z5和Pi-ta等。李仕贵等应用与稻瘟病抗性基因Pi-d(t)紧密连锁的微卫星标记RM262对含有该抗病基因的品种地谷与感病品种江南香糯和8987的F2群体进行MAS选择,结果发现应用该标记选择纯合和杂合带型
[28]抗性植株的准确率可达98,以上。Hittalmanni等在以一个抗稻瘟病基因Pi-z5两侧连锁标记
[29]的辅助选择中,发现纯合抗病F2植株选择的准确率达100%。Liu等通过分子标记辅助技术
[30]将广谱抗稻瘟病基因Pi-1导入到珍汕97B中,并获得带有该基因的17个株系。陈志伟等成功地将Pi-2从供体材料5173导入到迄今广泛使用的雄性不育保持系珍汕97B中,获得了一批携有Pi-2的珍汕97B近等基因系。
[31]在稻瘟病抗性基因聚合方面,刘士平等研究发现多个抗性基因聚合后,并不简单地表现为单个抗病基因的抗谱之间的简单累加,而是抗性基因之间表现为极显著的基因互作,
使其能够抵抗单个抗病基因不能抵抗的生理小种,使得基因聚合后抗谱拓宽、抗性增强。何
[32]月秋等利用分子标记辅助选择方法培育出BL13(Pi-1 Pi-3),BL23(Pi-2 Pi-3)和、、
[33]BL123(Pi-1Pi-2Pi-3)的近等基因累加系。Hittalmanni等用MAS对水稻稻瘟病抗性基、、
因Pi-1、Pi-z5和Pi-ta进行累积,含有Pi-z5的2个或3个抗性基因的聚合比单独存在时抗性增强,能感染单个基因的兼性生理小种不能侵染抗性基因累加的品系,说明非等位基因有互补作
[34]用。陈学伟等通过对地谷,BILl,Pi-4号等三个分别含抗病基因Pi-d(t) 、Pi-b、Pi-ta 的稻瘟病抗性材料与G46B聚合杂交,并利用抗病基因连锁的分子标记对杂交后代进行辅助选
代及BlCl代群体中共获得了l5株含Pid Pi-bPi-ta 等三个抗稻瘟病基择,在聚合杂交的F2、、
因的材料,该研究结果表明利用分子标记可快速、有效地实现多个抗病基因的聚合,大大提高水稻抗病育种的效率。
对于稻瘟病抗性QTL位点虽已有不少定位的报道,但未见将其应用于育种的上的报道。 2.2 抗白叶枯病的MAS
[35]目前已鉴定和定位的白叶枯病抗性基因达30个。如章琦等从我国普通野生稻中鉴定出一个新的白叶枯病抗性基因Xa-23(t),研究结果表明Xa-23(t)是迄今已知基因中抗谱最广,抗性导入效应很强的一个完全显性的全生育期抗性基因,并初步将该基因定位于水稻第
[36]11染色体SSR标记OSR06和RM224附近,图距分别为5.3cM和27.7cM。此后,潘海军等用Xa-23的近等基因系CBB23及其感病轮回亲本JG30构建了包含2562个单株的F2作图群体。通过分析571个感病单株,找到2个新的与Xa23基因连锁的SSR标记RM187和RM206,它们与Xa23之间的遗传图距分别为7.1cM和1.9cM。通过筛选1200个RAPD引物,获得2个与Xa23基因连锁的RAPD标记RpdH5和RpdS1184,与Xa23之间的遗传图距分别为7.0cM和7.6cM;王春
[37]连等将Xa23定位于两个EST标记C189和CP02662之间,图距分别为0.8和1.3 cM。高东迎等[38]利用RAPD标记对从体细胞突变体HX-3中鉴定出的抗水稻白叶枯病新基因Xa-25(t)进行了研究,在306个随机引物中,两个引物S1269和S1327在亲本和抗感池之间表现多态性。用这两个引物对龙特甫A和HX-3的F群体的114个单株进行连锁分析,表明S1269和S1327与2
[39]Xa-25(t)的连锁距离分别为5.3和23.7cM,且位于Xa25(t)的两侧;Ronald把来自于野生稻 Oryza longistaminata 中的广谱抗白叶枯病基因Xa21定位在第11染色体上,该基因与3个分子标记(RG103、RAPD248和RAPD818紧密连锁,它们与Xa21之间的距离仅为1.2 cM。
[40-42]此外,利用分子标记还定位了30个以上与白叶枯抗性相关的抗性QTL,这些抗白叶枯病基因(QTL)的定位大大促进了抗白叶枯病的分子标记辅助育种和抗白叶枯病基因克隆工作
[43]的展开。如在基因定位的基础上,Song等采用染色体登陆战略克隆了Xa-21,Yoshimura[44]等采用典型的定位克隆战略克隆了Xa-1,已克隆的抗白叶枯病基因还有Xa5和Xa26。
目前,成功应用于育种的抗白叶枯病基因只有Xa-4,Xa-5,Xa-13,Xa-21和Xa-23。应用较多的是广谱抗性基因Xa-21,我国多项研究先后以IRBB21为供体亲本,通过MAS将广谱抗白叶枯病基因Xa21导入明恢63,6078,R8006和9311等恢复系中,结果表明恢复系及相应杂交
[45-47]种对白叶枯病抗性显著增强。除改良恢复系外,也有利用MAS把Xa21渗入光敏核不育
[48]系3418S的报道。
[49]在白叶枯病抗性基因的聚合方面,徐建龙等报道聚合了xa5和Xa3抗性基因的晚粳品系D601、D602和D603的抗性水平和抗扩展能力强于双亲,抗谱宽于含单基因Xa3的秀水11。
[50]Huang等用分子标记在杂交F4代将4个抗白叶枯病基因(Xa-4, Xa-5, Xa-13, Xa- 21)聚合于
[51]IRBB60中。Singh将三个水稻白叶枯病抗性基因Xa-5Xa-13和Xa-2l进行标记辅助聚合育、
种,获得了聚合有2个和3个抗性基因的品系,该品系在自然条件下表现了较广的抗谱,并把
[52]上述三个基因聚合到籼稻品种PR106中。罗彦长等通过杂交、回交和自交将两个抗病基因Xa21和Xa-23聚合到不育系中,获得双基因纯合稳定的新品系R106B(A),所育成的不育系及保持系对中国的7个病原型代表菌株均表现全生育期高度抗病,可能会大大延长其抗性寿
[53]命。另外,邓其明等采用复合杂交结合分子标记辅助选择技术将Xa21、Xa23和Xa4聚合到杂交水稻优良恢复系绵恢725中,并利用9个白叶枯病致病菌系对其原始亲本和不同基因组合聚合后代进行了田间接种鉴定,研究结果表明Xa21、Xa23和Xa4的累加系植株对白叶枯病菌的抗性明显强于基因型为单基因植株和双基因累加系植株。
除了上述5个白叶枯病抗性基因在MAS育种中获得成功应用外,还有将外源基因与抗白
[54]叶枯病基因进行聚合的报道。何光明等将抑制衰老有关的异戊烯基转移酶(IPT)基因与Xa-23进行聚合,并转到9311和E32中。
[55]在抗个白叶枯病微效多基因的利用方面也有少量的研究。如王兴春等以受微效多基因控制白叶枯病抗性的五丰占2号和主基因Xa-5控制的IRBB5为材料,应用分子标记辅助选择、花药培养和回交技术成功地聚合了白叶枯病抗性主基因和微效多基因。 2.3 抗细菌性条斑病的MAS
自60年代以来抗细条病遗传研究以来,国内外不同学者采用不同的材料和菌株得出的
[56]结论不尽相同。如张红生等认为Duar和IR36对细菌性条斑病的抗性是由一对主效基因
[57][58]控制,但有人认为Dular和IR36对细菌性条斑病的抗性都是由两对隐性基因控制的;徐
[57]建龙等认为Hashikalmi对S-103的抗性由2对隐性基因所控制;90IRBBN44带有1对隐性抗性基因,Hashikalmi和Dular的2对基因中至少有1对是等位的,但这2对基因与90IRBBN44的1对基因均不等位。但也有不少人认为细条病抗性属数量性状遗传(唐定中
[59]等,1998)。如唐定中等认为Acc8518和Acc8558对细菌性条斑病的抗性与细胞质无关,符合简单加性模型,基因的效应为积加作用,具有较高的广义和狭义遗传力,属于多基因控制的数量性状。
尽管在细条病抗性鉴定、抗源筛选以及抗性遗传研究方面已取得一些进展,但对抗性基
[60]因的数目、染色体位置、效应等方面的研究仅有个别报道。如吴为人等利用一个重组自交系群体和该群体构建了一张包含225个分子标记的连锁图,综合采用t测验、CIM和MCIM的分析结果,总共检测出了11个控制细条病的抗性QTL,7个QTL在两年中均被检出,在所有11个QTL中,大多数抗病等位基因来源于抗病亲本Acc8558,只有位于第3、4号染色体上的两个QTL的抗病等位基因来自感病亲本H359,各QTL大小效应大小相近,没发现主效基因。对细条病抗性QTL的分子标记定位为细条病的抗性MAS和抗性QTL的克隆
[61]奠定了基础。郑景生等用中抗和高抗细菌性条斑病(简称细条病)的两个籼稻品种明恢86和佳辐占为亲本构建了F2 群体,应用SSR标记在水稻第2染色体的RM279,RM154之间检测到1个与水稻细条病抗性有关的QTL,其可解释遗传表型变异的1 3.7,,其加性效应
[62]为0.9576,来自抗病亲本佳辐占。陈采红等定位了一个来源于Dular的抗性QTL位点,该位点位于11号染色体,与分子标记RM120和RM441连锁。
由于有关水稻细条病抗性基因定位的研究极少,在利用MAS技术在育种中的应用也只
[63]处于探索阶段。陈志伟等筛选了与3个效应较大的抗细条病QTL连锁的SSR标记,并应用于把高抗细条病的品种Acc8558中的抗病基因导入到高感细条病的品种珍汕97B中的回交育种中。通过4次回交和1次自交,育成了5个遗传背景基本上与珍汕97B相同,导入了来自Acc8558的不同抗病区段的株系。该研究证明了将标记辅助选择技术应用于旨在改良单个数量性状的回交育种的可行性。
3.MAS存在的问题
3.1在单个质量性状的改良上优势不强
目前对于质量性状的MAS技术体系已日趋完善,并在育种上取得了很大的成就,培育
和改良不少杂交稻亲本和组合。但在育种实践中,发现该技术在单个质量性状的改良上并不比传统的选择方法有明显优势;主要是因为1)必须要有于目标基因紧密连锁的分子标记,才能进行MAS;2)其程序相对繁琐,对实验的仪器和技术有较高的要求;3)育种成本较高对。
3.2 对数量性状的改良还很少
对多基因控制的重要农艺性状,由于 QTL 在遗传上的复杂性、背景依赖性以及与环境的复杂互作,现有的 QTL 定位成果很难直接用于指导分子标记辅助选择育种,因而对数量性状的MAS进展较为缓慢。
4.展望
4.1增强在持久抗性上的应用
水稻生产实践中,由于抗性品种的单一化、主栽品种的遗传同质性、病原菌的复杂性和易变性等特点,常造成抗病品种在推广种植3-5 年后丧失抗性,引起病害暴发和流行防止水稻品种抗病性丧失。提高水稻品种抗性持久度的主要措施应是尽可能地防止病原菌产生新的致病小种或防止新的优势小种出现。在目前的技术条件下,避免病原菌产生新的致病小种或新的优势小种可以有两种策略,一个是抗性基因聚合(gene pyramiding),另一个是抗性基因混合(gene mixing)。
而MAS技术已在抗性基因聚合的应用上表现出较强的优势。目前已有多个研究表明,MAS技术可以克服用传统方法进行基因聚合表型鉴定的困难,快速地将多个抗病基因聚合,培育出持久抗性品种。同时利用杂交稻的抗性可以来自父本或母本中的任何一方,通过MAS技术可以较容易地把不同显性抗稻瘟病基因分别导入杂交稻的两亲本中,再通过携有不同抗性基因的两亲本配制杂交稻组合,配制出的杂交稻同样可以聚合两个或多个抗性基因。从育种技术来讲,往杂交稻中分别聚合2个和4个显性抗病基因与往常规稻中导入1个和聚合2个抗病基因是一样的。因此,建议可将MAS技术应用于杂交稻亲本的抗性改良上。 4.2将MAS技术提高到分子设计育种的高度
随着分子遗传学的不断发展,分子标记技术和辅助选择育种技术的不断完善,将有利于更多的重要农艺性状QTL被精细定位和克隆,利用MAS技术将有效地改良水稻的产量、品质和抗性,特别是有利于成簇分布的有利基因的聚合,使该技术成为分子设计育种时代有
利工具。
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