宁夏回族HLAA，B，DRB1基因座遗传多态性和单倍型分析（医学论文）

宁夏回族HLAA，B，DRB1基因座遗传多态性和单倍型分析（医学论文） 宁夏回族，B，DRB1基因座遗传多态性和 单倍型分析 作者:沈春梅 朱波峰 刘孟黎 张华东 李生斌 【摘要】 目的: 研究宁夏回族自治区地区回族人群，B，DRB1基因座的等位基因及其组成的单倍型频率分布特征. 方法: 采集宁夏回族122名无关健康个体静脉血，应用聚合酶链反应序 ，B和DRB1 基因座进行基因分型. 列特异性引物方法对其 直接计数法统计基因频率，采用最大数学预期值算法计算HLA单体型频率. 结果: 122 名宁夏回族个体的，B，DRB1基因座分别检出14，29，13个等位基因. 高频等位基因分别为 ,,,， ,,,， ,,, 高频单倍型分别为, , , , , , , , DRB1*12. 结论: 宁夏回族自治区回族人群HLA基因座的等位基因和单倍型具有较高的遗传多态性 更多精品文档,欢迎来我主页查询 在该民族具有极强的连锁不平衡. 【关键词】 宁夏回族,HLA抗原,单倍型频率,遗传多态性 0引言 人类白细胞抗原(human leukocyte antigen, HLA)系统位于6p21.3，是目前所知人类基因组中多态性最高、最为复杂的免疫遗传系统, 其研究已广泛应用于器官移植配型以及疾病相关性研究等领域. 由于HLA基因座具有高度的遗传多态性, 在不同种族、民族、不同地域的人群中, 其等位基因和单倍型的频率存在差异, 因此对于民族起源、进化、迁徙、融合等人类群体遗传学研究具有重要意义, 并且在法医学个体识别中也发挥着重要的作用,1-4,. 我们采用聚合酶链反应序列特异性引物方法(polymerase chain reaction 对宁夏回族自治区回族人群，B和DRB1基因座进行分析研究. 1材料和方法 1.1材料宁夏回族自治区122名健康、无血缘关系的回族个体, 其个体3代以上无与其他民族个体通婚史. 采集其外周血各2 mL, EDTA抗凝，B，DRB1 分型试剂,美国公司，美国GT公司,型PCR仪. 1.2方法 1.2.1基因组DNA制备采用盐析法提取基因组DNA, DNA浓度为50:80 ng/L, 纯度为1.6:1.8. 更多精品文档,欢迎来我主页查询 ，B和DRB1基因座基因分型按，B，DRB1 分型试剂进行分型. 对模棱两可的结果采用第二家试剂进行分型，仍不出结果的进行测序分型. 遵循WHO下属HLA系统命名委员会规定,按标准HLA命名法则低分辨判读等位基因, 分析分别得出 ，B和DRB1基因座基因型,并按HLA命名委员会公布的HLA 等位基因与其型对应关系将等位基因型转化为相应的表现型. 平衡检验采用χ2方法做吻合度检验,通过Arlequin 3.11软件计算χ2和P值, 检验水准设为0.05. ，B，DRB1基因座 统计学处理:应用直接计数法统计 基因频率. 采用最大数学预期值算法(expectation maximization, EM), 通过Arlequin 3.11软件计算HLA单体型频率，以频率大于1/1.5N ,N为样本量,为观察到有意义单倍型,5,. 依文献,6,计算两基因座连锁不平衡参数，依文献,7,报道有意义两基因座单倍型正连锁不平衡参数. 不同民族基因座数据源自文献,3-4,8-11,，用Nei,12,方法以基因座基因频率数据计算不同民族间的遗传距离，将遗传距离导入Mega3.1软件, 根据邻接法构建系统发生树. 2结果 ，B和DRB1等位基因频率分布在122名回族个体中基因座中共检出14个等位基因,基因频率分布在0.004:0.299之间,表1,, 其中高频等位基因分别为 (GF=0.299)，A*11 (GF=0.197)，A*24 (GF=0.176), 更多精品文档,欢迎来我主页查询 基因座共检出29个等位基因, 基因频率分布在0.004:0.111之间, 其中高频等位基因分别为， 基因座共B*46( GF=0.0984)，B*13 (GF=0.082), 检出13个等位基因, 基因频率在0.0164:0.1393之间,其中高频 ，DRB1*09 等位基因分别为 (GF=0.1311)，DRB1*07 (GF=0.1066). 平衡检验通过Arlequin 3.11软件进行 ，B和DRB1的吻和度检验, 其相应P值分别为0.9073，0.0800和0.3742. 表明本研究的回族群体的基因分布符合 平衡定律. 表1宁夏回族，B，DRB1基因座等位基因频率 ，B，DRB1单倍型频率及连锁不平衡参数可观察到163种单倍型, 占单倍型理论总数的40.15%(163/406), 可观察到206种单倍型, 占单倍型理论总数的54.64%(206/377),可观察到588种 单倍型, 占单倍型理论总数的11.14%(588/5278). 观察到50，56，49种，， 有意义的单倍型，表2为部分高频单倍型,HF?1.5%,. 有39条单倍型和52条 单倍型正连锁不平衡, 其中 具有极强的连锁不平衡,表3,. 更多精品文档,欢迎来我主页查询 2.4聚类分析从系统发生树,图1,可见，回族与汉族的遗传距离最近，这两个民族先聚为一类后，再和蒙古族、维吾尔族、藏族、鄂温克族等少数民族聚为一大类.表2宁夏回族HLA常见单倍型及其频率,HF?1.5%,表3宁夏回族常见HLA单倍型及其连锁不平衡参数 3讨论 我们运用技术方法对宁夏回族人群的，B，DRB1基因多态性进行分析，B，DRB1基因座分别检出 29，13个等位基因基因座个体识别力为0.948, 多14， 态信息含量为0.81,非父排除率为0.652, 基因座个体识别力为0.985, 多态信息含量为0.94, 非父排除率为0.917, 基因座个体识别力为0.975, 多态信息含量为0.89, 非父排除率为0.816. 研究结果显示该民族的HLA基因座具有较高的遗传多态性. 以江西、广东、安徽、湖北汉族为南方汉族的代表,13-16,，以山东、甘肃、新疆、河南汉族为北方汉族的代表,17-18,，比较宁夏回族与不同地区汉族HLA基因座高频基因及基因频率的差异，其中基因座的高频基因及基因频率相差不大,基因座中高频等位基因F=0.111)与不同地区汉族均有显著性差异, 基因座中DRB1*07 (GF=0.1066)与南方汉族差异较大. 我们共观察到50种有意义的单倍型, 高频单倍型依次为， 更多精品文档,欢迎来我主页查询 4.07%)，,观察到56种 DRB1有意义单倍型, 高频单倍型依次为 ， ， , 观察到49种有意义单倍型,高频单倍型依次为 ， ， .38%). 但因缺乏其他民族HLA基因座单倍型的，尚无法运用单倍型进行民族起源与进化的研究. 连锁不平衡是HLA系统的遗传特征之一, HLA在不同种族中分布的差异，除表现在基因频率方面外，还表现在具有显著连锁不平衡的单倍型方面. 在本研究中,HF=0.82%, RLD=99.99%,，,HF=2.46%, RLD=99.99%,, ,HF=1.72%, RLD=99.99%, ,HF=0.80%, RLD=99.99%,在宁夏回族具有极强的连锁不平衡. 其中， 与南方汉族,江西汉族、安徽汉族,,13-14,、北方汉族,山东汉族,,17,、北美高加索人、北美黑人,19,相比均具有显著性差异. 我们用不同民族的基因座等位基因频率数据构建系统发生树，显示回族与汉族具有较近的遗传关系，我们更多精品文档,欢迎来我主页查询 认为这与历史上回族的形成有关. 我们的结果从分子生物学的角度 印证了回族在形成独立民族的过程中与汉族发生大量的交融. 我们的结果表明宁夏回族人群HLA基因座的等位基因 和单体型具有较高的遗传多态性,而且具有自身特点. 研究回族人群 HLA单倍型资料为了解该民族的遗传背景、进化、起源提供帮助, 同 时也丰富了中华民族的基因信息资源. 鉴于HLA单倍型遗传的特点， 而目前国内少数民族HLA研究缺乏单倍型资料的现状，研究国内少 数民族HLA基因座及单倍型多态性将是我们今后工作的重点. 【参考文献】 ,1, Shankarkumar U, Sridharan B, Pitchappan RM. 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